美國(guó)深海勘查潛艇“賽任1號(hào)”在一次例行任務(wù)中失事當(dāng)局命令潛艇設(shè)計(jì)師（主人公）組織一支由軍人和各類科學(xué)家構(gòu)成的小隊(duì)乘坐另一艘同型潛艇“賽任2號(hào)”下海救援“賽任1號(hào)”成員里面有兩個(gè)女性其中一個(gè)是潛艇設(shè)計(jì)師的前妻　　搜索的線索是“賽任1號(hào)”上面的一只“黑匣子”救援隊(duì)據(jù)此潛航到一個(gè)非常隱蔽的海溝途中這艘黃色潛艇被一個(gè)巨大的白色不明物體包裹住艇長(zhǎng)用電擊法驅(qū)走這個(gè)怪物三名潛水員出艇勘查發(fā)現(xiàn)這里的海藻發(fā)生過變異大得出奇一名潛水員遭隱藏在海藻林間的異形生物突襲而亡另兩名生還者采集了一些變異的海藻后返回潛艇　　潛艇為了躲避變異生物的襲擊進(jìn)入了海溝內(nèi)部探險(xiǎn)結(jié)果發(fā)現(xiàn)海溝最底部有一個(gè)巨大空洞潛艇浮出水面艇員們穿著如同宇航服的特種防護(hù)衣進(jìn)入這個(gè)幽深的洞穴發(fā)現(xiàn)內(nèi)部竟然有人工開鑿的痕跡里面到處都是變異生物有的類似巨型蜜蜂有的類似海蛇和恐龍的雜交體并且所有的生物身上都帶有劇毒　　隊(duì)員們?cè)诹羰卦跐撏е械耐ㄓ嵵笓]員的指示下不斷深入尋找遺失的黑匣子然而當(dāng)他們?cè)诙磧?nèi)巡視時(shí)一頭異形怪物穿破一名隊(duì)員的保護(hù)罩進(jìn)入他的體內(nèi)隊(duì)員們被迫將其擊斃　　同時(shí)潛艇上的變異海藻入侵了潛艇上的飲水系統(tǒng)接觸海藻或者飲用了被海藻污染的水都會(huì)被侵蝕逐漸變?yōu)楹Ｔ宓娘暳?一個(gè)雜役兵因此感染而死　　隊(duì)員們劃著橡皮筏返回潛艇途中又被水中的異形逐個(gè)消滅　　潛艇設(shè)計(jì)師和兩個(gè)女隊(duì)員以及一個(gè)男科學(xué)家繼續(xù)在洞中考察他們發(fā)現(xiàn)了一個(gè)實(shí)驗(yàn)室在一具干尸面前的電腦上查到了所有的秘密原來(lái)這個(gè)海溝是美國(guó)政府遺棄的一個(gè)研究生物武器的秘密基地科學(xué)家通過生物基因雜交生產(chǎn)出了大量的生物武器但是不知是何原因試驗(yàn)發(fā)生事故所有的科學(xué)家被那些生物殺死無(wú)一幸免　　他們?cè)噲D炸毀試驗(yàn)基地不料在一個(gè)基因交換室遇到了最可怕的怪物------一個(gè)豎掛在墻壁上的多腳海星在大家用步槍抵抗這個(gè)海星的時(shí)候一個(gè)男科學(xué)家被海星巨大的觸手卷走一個(gè)女隊(duì)員則被海星吸進(jìn)口中……　　任務(wù)結(jié)束舊情鴛鴦回到潛艇上卻被一直呆在潛艇中的通訊指揮員截住并吐露實(shí)情：其實(shí)根本不存在什么黑匣子這次行動(dòng)的真正目的就是取回生物試驗(yàn)的那張資料光盤所以他才一步步引導(dǎo)隊(duì)員們接近那個(gè)嗜血實(shí)驗(yàn)室而且第一批返回的隊(duì)員們有兩人本來(lái)可以免受異形攻擊的也是他從中作祟將艙門反鎖讓那兩個(gè)隊(duì)員活活的被異形拉進(jìn)水中……　　通訊指揮員實(shí)現(xiàn)了自己的全盤計(jì)劃把幸存的三人：舊情鴛鴦和艇長(zhǎng)關(guān)在寄生著變異海藻的船艙內(nèi)幸而潛艇設(shè)計(jì)師把那張要命的光盤留在手中提出和通訊指揮員合作將其騙入船艙并被海藻感染而死　　正當(dāng)幸存者逃離危險(xiǎn)之地時(shí)卻發(fā)現(xiàn)艇長(zhǎng)沒有跟隨他們一起進(jìn)入逃生艙艇長(zhǎng)告訴他們剛才制服通訊指揮員時(shí)他不小心被海藻感染了決定犧牲自己毀滅這個(gè)秘密基地　　最后那對(duì)夫妻帶著光盤乘逃生艙逃離了恐怖深淵回到陸地上揭露政府的陰謀而艇長(zhǎng)則啟動(dòng)了潛艇的自毀系統(tǒng)炸毀了海溝的出口將那些變異生物永遠(yuǎn)封閉在海底深淵之中